紫外线杀菌原理说起来也并没有那么复杂，但实际操作也没那么简单。在地球上所有已知的生命形式，都是以DNA及RNA作为繁殖、遗存的基础。当细胞繁殖时，DNA中的长链打开，打开后每条长链长的A单元会寻找T单元结合，而且每条长链都可复制出与刚分离的另一条长链同样的链条，恢复原来分裂前的完整DNA，成为新生细胞的基础。

波长在240-270nm的紫外线（C波段紫外线）直接照射时能打破DNA生产蛋白质及复制的能力。细菌病毒的DNA,RNA受破坏后其生产蛋白质的能力和繁殖能力均已丧失，因细菌，病毒一般生命周期很短，不能繁殖的细菌，病毒就会迅速死亡。